Проблема с кодировкой при установке UTF-8 версии может возникнуть если при установке продукта на файлы и папки дистрибутива были установлены некорректные права, т.е. файлы не смогли переписаться в нужную кодировку.
Вам надо переустановить продукт, но перед этим надо установить корректные права на папки и файлы на всём сайте, так чтобы пользователь Apache мог их создавать или редактировать:
http://dev.1c-bitrix.ru/support/faq/8366/#112853