А что у Вас указано в расширенных настройках интеграции с 1С, а именно в опции "Что делать с группами, отсутствующими в файле импорта"? Как вариант попробуйте установить эту опцию в значение "ничего".
[URL=https://dev.1c-bitrix.ru/user_help/store/sale/settings/1c_admin.php]https://dev.1c-bitrix.ru/user_help/store/sale/settings/1c_admin.php[/URL]
[URL=https://dev.1c-bitrix.ru/user_help/store/sale/settings/1c_admin.php]https://dev.1c-bitrix.ru/user_help/store/sale/settings/1c_admin.php[/URL]