копировать обработчик надо целиком, те например, bitrix/modules/sale/ru/payment/yandex_3x/ нужно скопировать в bitrix/php_interface/include/sale_payment/yandex_3x, затем в настройках платежной системы Обработчик для типа плательщик например физ лицо надо выбрать пользовательский обработчик в самом верху списка.
Также здесь информация для ознакомления dev.1c-bitrix.ru/community/webdev/user/16899/blog/2448/
Также здесь информация для ознакомления dev.1c-bitrix.ru/community/webdev/user/16899/blog/2448/