Точно такая же проблема. Удалили модуль рекламный, ибо не использовался, создал руками файл rk.php без подключения ядра, шапок и тд, чтобы снизить нагрузку, ибо отдавалась 404я сайта, а это доп. запросы и доп. нагрузка.
В идеале сделать в скрипте небольшой обработчик, который будет добавлять айпишник в стоп-лист, лучше наверное на стороне htaccess, так как Битрикс много запросов при хите делает. Так же заметил, что идёт атака с разных айпишников, почти не повторяются записи, поэтому контроль активности не поможет.