Нет. Возможно, оно и так должно работать, я редко пользуюсь компонентами eshop. Надо смотреть на месте, что где как подключается и где чего как работает. Если в компонент оформления заказа (sale.order.ajax) все попадает верно, надо разбираться с ним. Если в корзине товары доступны для покупки, а при создании заказа - нет, надо отследить путь корзины от собственно корзины до оформления заказа. Если вы устанавливали какое-то готовое решение интернет-магазина (либо этот сайт достался вам в "наследство" от другого разработчика), то, возможно, где-то идет обработка событий создания заказа. Если в шаблоне компонента корзины или оформления заказа есть файлы result_modifier.php или component_epilog.php, можно посмотреть и их.