Теоретически:
1) В файле [B]result_modifier.php [/B]нужного шаблона компонента вы можете добавить нужные проверки и при необходимости заменить ссылки в массиве товаров на нужные
2) Скорее всего, вам придется отключить в компоненте обработку ЧПУ и добавить собственное правило для обработки адресов страницы, которое будет учитывать возможность лишнего #SECTION_CODE# в ссылке