а вы сравните что было раньше в файлах
/etc/php.ini
/etc/my.cnf
/etc/php.d/z_bx_custom.ini
/etc/php.d/apc.ini
/etc/php.d/bitrixenv.ini
/etc/mysql/conf.d/z_bx_custom.cnf
/etc/httpd/bx/custom/z_bx_custom.conf
/etc/mysql/conf.d/bvat.cnf
/etc/nginx/nginx.conf
/etc/nginx/bx/conf/im_settings.conf
и наверняка поймете в чем дело, при обновлении в них может все очень серьезно поменяться а это может влиять на порядки в попугаях Битрикса.