Обновление bitrix-vm 3.1 закончилось неудачей. Выполнил вышеуказанные команды, правда при yum update php-pecl-apc появилось сообщение о том, что php-pecl-apc не установлен, установил yum install php-pecl-apc && sudo pecl install apc, добавил в php.ini: extension=apc.so, после чего service httpd restart.