Столкнулся с той же проблемой.
Сайт разрабатывала фирма, со значком "Золотого сертифицированного партнёра", поэтому я искренне удивился, когда не увидел favicon на нескольких страницах сайта (сайт небольшой, до 10 разделов и чуть больше страниц).
Ни в какие хедыры и прочие php-файлы не лез, ибо нефиг. Зато имея некоторый опыт и прочитав [url=https://dev.1c-bitrix.ru/community/forums/forum6/topic19328/]эту тему[/url], а особенно [url=https://dev.1c-bitrix.ru/community/forums/messages/forum6/topic19328/message106429/#message106429]вот это[/url] и [url=https://dev.1c-bitrix.ru/community/forums/messages/forum6/topic19328/message260275/#message260275]это[/url] сообщение, поступил следующим образом:
1. Обнаружил favicon в корне сайта. Значит разработчики сайта уже его туда кинули.
2. Скопировал favicon в папку bitrix. Сделал так потому, что файл header.php именно там.
3. Протестировал сайт в браузере Google Chrome и отметил, что все страницы стали отображать пиктограмму сайта.
4. Неизвестно, почему, но мне захотелось посмотреть на сайт через Яндекс.Бразуер...
Некоторые страницы по прежнему были без иконки.
5. Подумав над тем, что структура сайта (все его разделы) организованы отдельными папками, в которых хранятся файлы index.php и, сделав предположение, что движок (а может быть, браузер, я не силён в веб-разработке) не всегда "дотягивается" до корня сайта или папки bitrix, просто взял и скопировал favicon во все папки, где лежат файлы index.php.
6. После Ctrl+F5 Яндекс.Браузер отобразил пиктораммы на всех страницах.
Понимаю, что для больших проектов такой способ не годится, но может быть, как-то можно это учесть при разработке?
Правила форума не читал, поэтому, на всякий случай, ссылку на сайт не даю.