Здравствуйте. Все очень просто. Если вам нужно сделать так, чтобы правила не перезаписывались системой автоматически, то просто сделайте так:
Для серверов на ОС Windows: сделайте файл не доступным для записи, а только для чтения
В случае с unix системами: Дайте права 444, если файл станет не видимым для системы попробуйте сделать 544
В таком случае Bitrix не сможет переписать файл urlrewrite.php и он не будет перезаписываться, но в ручную вы сможете его изменять.
Это подходит только в том случае, если вы сами умеете строить URL Rewritable.
Спасибо за внимание.
С уважением Станислав Стрижков!