Замените Httpd на httpd.itk в интернете куча инструкций как это сделать.
Далее нужно создать в системе пользователя от которого будет исполняться ваш второй сайт и назначить его владельцем всех файлов и каталогов этого сайта, что-то типа:
chown user:user -R /home/bitrix/ext_www/site.ru
и в файл виртуального хоста апача ( /etc/httpd/bx/conf/bx_ext_site.ru.conf) добавить директиву AssignUserID user user
Теперь основной и дополнительный файл будут исполняться от разных пользователей.
Если будут вопросы, пишите, с удовольствием отвечу.
Далее нужно создать в системе пользователя от которого будет исполняться ваш второй сайт и назначить его владельцем всех файлов и каталогов этого сайта, что-то типа:
chown user:user -R /home/bitrix/ext_www/site.ru
и в файл виртуального хоста апача ( /etc/httpd/bx/conf/bx_ext_site.ru.conf) добавить директиву AssignUserID user user
Теперь основной и дополнительный файл будут исполняться от разных пользователей.
Если будут вопросы, пишите, с удовольствием отвечу.