Проверьте владельца файлов.
[CODE]cd /home/bitrix/ext_www/ваш_сайт/
ls -al[/CODE]
Apache и Nginx работают из под пользователя bitrix.
Файлы сайта должны принадлежать пользователю bitrix, группе bitrix.
Права могут быть 755 для разделов и 644 для файлов сайта. 700 и 600 тоже работает.
Сменить владельца (со всеми вложенными файлами и каталогами) можно командой:
[CODE]cd /home/bitrix/www/
chown -R bitrix:bitrix *
cd /home/bitrix/ext_www/ваш_сайт/
chown -R bitrix:bitrix *
[/CODE]
Рекомендую еще создавать символическую ссылку не с абсолютным путем, а [url=http://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/?COURSE_ID=7&LESSON_ID=287]с относительным[/url]. Это позволит избежать некоторых ошибок, например, с подключением по SFTP.
[CODE]cd /home/bitrix/ext_www/ваш_сайт/
ln -s ../../www/bitrix bitrix
ln -s ../../www/upload upload
# НЕ ln -s /home/bitrix/www/bitrix bitrix[/CODE]