Старая известная проблема протокола обмена 1С с сайтом
[URL=https://idea.1c-bitrix.ru/fix-the-old-problem-with-the-discharge-of-changes-from-1c-price-0-remn/]https://idea.1c-bitrix.ru/fix-the-old-problem-with-the-discharge-of-changes-from-1c-price-0-remn/[/URL]
Выгрузка изменений не удаляет и не деактивирует товары, если товары больше не попадают в отбор.
Выгрузка изменений вообще ничего не удяляет, она только создает и изменяет.
-----
Хороших решений нет.
Как вариант, вы можете проводить выгрузку изменений днем, и полную выгрузку ночью.