Я бы сделал так:
1) В момент начала мастера заказа на сайте, куда я попадаю после манипуляций с корзиной, делается запрос к вебсервису в 1С и на определенные позиции заказа, идентифицируемые по SCU, в 1С создается запись о резервировании типа:
SCU : Кол-во : Время окончания резерва : Тип резерва : Логин на сайте : Номер заказа на сайте
2) Если остатки в 1С позволяют зарезерв. это кол-во, то идем дальше в мастер заказа, если не позволяют - резервируем сколько можно, выводя предупреждение клиенту на сайте что больше N нельзя.
3) Тип резерва ставим например "в мастере заказа" и логин. Если заказ не будет оплачен через N дней, то такие резервы будем удалять в 1С.
4) Далее, после оформления заказа, в момент его оплаты (есть события такие в БУС на которые можно вешать обработчик), меняем тип резерва на "оплаченный заказ" и вписываем в таблицу резерва номер заказа на сайте. Такой резерв всё, удалять нельзя (возможно можно при отмене оплаты заказа, что особый случай и разбирается отдельно).
5) Теперь, когда заказ будет выгружен в 1С, его позиции, зарезервированные по SCU и логину, будут доступны.
6) Разумеется, в 1С нужно предусмотреть логику контроля остатков, чтобы если в таблице резервирования есть записи на данных SCU, нельзя было их списать.
Это один из многочисленных вариантов реализации. Надеюсь поможет.