Попробовал с экранированием - работает:
$aMenuLinks = Array(
...
Array(
"Комисия",
"http:\\адрес_какой_то[URL=https://www.timcom.info/\][COLOR=#ff00ff]\[/COLOR][/URL][COLOR=#ff00ff]"[/COLOR][COLOR=#ff00ff] target=\"_blank[/COLOR]",
Array(),
Array(),
""
),
...
)
$aMenuLinks = Array(
...
Array(
"Комисия",
"http:\\адрес_какой_то[URL=https://www.timcom.info/\][COLOR=#ff00ff]\[/COLOR][/URL][COLOR=#ff00ff]"[/COLOR][COLOR=#ff00ff] target=\"_blank[/COLOR]",
Array(),
Array(),
""
),
...
)