Настройки URL страниц в инфоблоке нужны для того, чтобы урлы типа DETAIL_PAGE_URL/LIST_PAGE_URL при выборках из инфоблока у вас автоматически формировались правильно, а также для того, чтобы правильно формировались урлы в модуле поиска.
Настраивать же собственно ЧПУ можно двумя способами.
1) Бросить на страницу комплексный компонент (bitrix:news, bitrix:catalog) и настроить его.
2) Создать отдельные страницы с простыми компонентами, например:
* /path/index.php -- показ список разделов;
* /path/list.php -- показ элементов раздела;
* /path/detail.php -- детальный показ раздела.
В этом случае вам нужно будет самостоятельно настроить обработку адресов: админка - Настройки - Настройки продукта - Обработка адресов.
См. также http://dev.1c-bitrix.ru/api_help/main/general/urlrewrite.php и http://dev.1c-bitrix.ru/api_help/main/general/component20/16.sef.php