Попробуйте добавить в /bitrix/php_interface/init.php такой код:
[CODE]AddEventHandler('main', 'OnEpilog', '_Check404Error', 1);
function _Check404Error()
{
if (defined('ERROR_404') && ERROR_404=='Y')
{
GLOBAL $APPLICATION;
$APPLICATION->RestartBuffer();
include $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/bitrix/templates/'.SITE_TEMPLATE_ID.'/header.php';
require ($_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/404.php');
include $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/bitrix/templates/'.SITE_TEMPLATE_ID.'/footer.php';
}
}
[/CODE]
Но это будет работать не всегда, а только тогда, когда в компоненте выполняется define("ERROR_404", "Y");