Было что-то похожее, когда выгрузки из 1с конфликтовали (запускались одновременно), т.е. например, предыдущая не успела до конца отработать, а уже запустилась следующая (при переодическом обмене), либо если настроена полная выгрузка раз в сутки, а изменения каждые 3 часа ходят - тоже могут наложиться.
Не уверен, что у вас тоже самое, но в свое время помогло именно настройкой расписания выгрузок из 1с, чтобы они никогда не пересекались.
Не уверен, что у вас тоже самое, но в свое время помогло именно настройкой расписания выгрузок из 1с, чтобы они никогда не пересекались.