У меня тоже была проблема с тестом о модификации файлов
в ядре. В общей сложности тест не проходило приблизительно 500 файлов из разных модулей, компонентов и из bitrix/admin.
Причина в нашем случае, скорее всего из-за git'а, над проектом работало несколько разработчиков через эту систему контроля версий, возможно, git что-то дописывал в сигнатуру файлов, из-за чего они потом не совпадали.
Мы решили это следующим образом:
1 прежде всего установили последние обновления;
2 потом обновили все модули через административную часть - /bitrix/admin/update_system.php?BX_SUPPORT_MODE=Y;
3 а оставшиеся файлы, которые не обновились, заменяли вручную. Брали копии из свежеразвернутого битрикса без шаблона и той же редакции.
Если у вам немного файлов не проходит тест в каком-то модуле, то после его полного обновления как в п.2 можно удалить и восстановить файлы заново - /bitrix/admin/module_admin.php?lang=ru, чтобы пересоздались файлы в bitrix/admin