Проблему решил, точно ее причину не знаю, но думаю связано это было с тем что в настройках инфоблока каталога не стояло галочки "является торговым каталогом", только в СКУ стояла галочка. По этой причине, скорей всего, все товары тип "простой" имели проблему с активностью. Проблема решилась путем проставления всем товарам активности: активно, (повезло что один раздел и все в нем должно бить активно). После апдейта товаров все стает на свои места, глюк пропадает - не важно каким путем происходить вызов апдейта товара, можно и без проставления активности, можно и ничего не менять, главное чтобы вызвался CIBlockElement::Update.