У нас "пропажа" картинок была связана с полем "Изменять детальную картинку:" в настройках интеграции с 1С после отключения опции картинки перестали пропадать, битрикс при ошибках масштабирования просто удаляет картинку у товара.
[IMG WIDTH=556 HEIGHT=143]http://dl3.joxi.net/drive/2017/04/13/0011/2709/776853/53/700f330756.png[/IMG]
Кому интересно можно "покопать" тут: /bitrix/modules/iblock/classes/general/cml2.php
function ResizePicture (...)
...
$errorFile = array("tmp_name"=>"", "del"=>"Y");
...
return $errorFile;
...