Возможно в последней версии обработки по выгрузки из 1С есть настройка что выгружать. здесь точно не знаю.
Если вы используете УТ 8.1, с встроенным модулем обмена - то не получиться, в штатном механизме товар скрывается на сайтке при постановки пометки удаления у номенклатуры в 1С.
Можно пойти по пути раздельного администрирования, и с помощью обработчиков событий по созданию/обновлению элемента каталога на сайте, при обменен с 1С, отменять запись по полям, которые планируете вести на сайте.
Можно пойти по пути администрирования в 1С, создать некоторое дополнительное свойство (вроде "не показывать на сайте") и сделать, опят же небольшую доработку на сайте, которая позволит скрывать соответствующие элементы.