Так как форум мёртв, проблему решил сам. Если у кого тоже всё полетело, попробуйте добавить скрипты через $APPLICATION->AddHeadScript и поиграйте при этом с очередностью. Сначала добавьте Jquery через $APPLICATION выше ваших скриптов в Header и поверяйте так каждый скрипт, играя с очередностью добавления через $APPLICATION->AddHeadScript и далее после всех добавлений $APPLICATION->ShowHeadScripts(); Надеюсь, в этом мёртвом форуме моя тема кому-то оказалась полезной.