По сути, это вопрос компромиссов. Если необходимый обмен данными по заказам отличается от того, который подразумевает штатный модуль обмена 1С-сайт, остаётся 2 варианта - кастомизировать модуль обмена или пробрасывать АПИ. Мы уже наигрались на наших проектах со штатным модулем. Как только в 1С пришло обновление - всё упало, опять танцы с бубном, опять поиски, где и что не так. При этом иногда приходится включать или отключать совершенно неочевидные настройки в модуле обмена на сайте (опять же методом научного тыка). В итоге зареклись, написали кастомный модуль АПИ сайта и теперь забираем с сайта всё, что необходимо, в том виде, в котором необходимо. Заказы тащим с сайта в статусе N, а далее ведущей сущностью становится 1С, из неё все изменения по заказу выплёвываем на сайт. Теперь любой набор статусов стал доступен, а не банальные новый, в работе и выполнен. Более того, в ЛК юзерам транслируем накладные из 1С. Соответственно, и остатки с помощью АПИ меняем на сайте только тогда, когда в 1С товар реально стал в резерв. В общем, альтернатива всегда есть. По итогу, затраты на модуль АПИ и интеграцию с его помощью реально оказались ниже, чем все доработки штатного модуля обмена и потуги с его помощью решить бизнес задачи.