Ну как то не феншуй,
1) /bitrix/footer.php - ссылается на /bitrix/modules/main/include/epilog.php
который в свою очередь подгружает
2.1) /modules/main/include/epilog_before.php");
2.2.) "/modules/main/include/epilog_after.php");
4) а вот они то и забирают файл: $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"].SITE_TEMPLATE_PATH."/footer.php"
футер из файла твоей темы.
1) /bitrix/footer.php - ссылается на /bitrix/modules/main/include/epilog.php
который в свою очередь подгружает
2.1) /modules/main/include/epilog_before.php");
2.2.) "/modules/main/include/epilog_after.php");
4) а вот они то и забирают файл: $_SERVER["DOCUMENT_ROOT"].SITE_TEMPLATE_PATH."/footer.php"
футер из файла твоей темы.