изучите битрикс, чтобы все было отлично либо отдайте работу программистам. генерация содержимого идет всегда в виде простыни, последовательно header.php - шапка шаблона содержимое страницы footer.php - подвал шаблона Если у вас есть $APPLICATION->SetPageProperty в содержимом страницы и в footer.php то сначала выполнится в содержимом, а потом в футере и конечно будет перезаписано