Этот вопрос скорее к самой 1С, чем к обмену Битрикс-УТ11
Если не ошибаюсь, в УТ11 невозможно продать товар с нулевой ценой, для таких случаев сумма "подарочного" набора равномерно снимается со всех остальных товаров, чтобы в общем сумма заказа не изменилась.
Или доработать УТ11, чтобы в заказе при сохранении проверялись товары с нулевой ценой, и на них "перетянуть" хотя-бы 1 руб с другого товара.