Форум

http://www.php.ru/manual/function.highlight-string.html

самый простой вариант для подсветки php-кода

перегружается кусок DOM дерева - соотв. исчезают все жкверевские бинды
решение - в загружаемых аяксом компонентах прописать стартап-скрипты для жквери
т.е. в шаблоне bitrix:catalog.section и bitrix:catalog.filter прописываем
<script>
$(document).ready(function() {
/// бла бла бла
});
</script>

зы. можно поставить условие на ajax

Если рабочий комп адекватный, то можно просто юзать Eclipse like идешки, если слабенький то впринципе тоже можно, но лучше создавать отдельные проекты на конкретные папки (напр на components, templates и тд), иначе уснете ждать, когда он 40000+ файлов проиндексирует