перегружается кусок DOM дерева - соотв. исчезают все жкверевские бинды решение - в загружаемых аяксом компонентах прописать стартап-скрипты для жквери т.е. в шаблоне bitrix:catalog.section и bitrix:catalog.filter прописываем <script> $(document).ready(function() { /// бла бла бла }); </script>
Если рабочий комп адекватный, то можно просто юзать Eclipse like идешки, если слабенький то впринципе тоже можно, но лучше создавать отдельные проекты на конкретные папки (напр на components, templates и тд), иначе уснете ждать, когда он 40000+ файлов проиндексирует