Делал подобное.
1) Создаёшь непосредственно подпапки /rostov /omsk и т.д.
2) Копируешь в них всё, что лежит в самом корне (разумеется без папок rostov omsk)
3) Ставишь копирование bash скриптом на крон
Корневой url переопределяешь в dbconn.php
if (strpos($_SERVER['REQUEST_URI'], '/omsk/') === 0) {
define('SITE_DIR', '/omsk/');
}
Отдельно нужно будет повозиться с картами сайта, роботсами, фидами и т.д. Некоторые вопросы решаются в urlenwrite