Форум

Array
(
    [TITLE] => Моя компания
    [VALUE] => Array
        (
            [0] => Array
                (
                    [VALUE] => 12
                    [TITLE] => ФГУП "СТАНДАРТИНФОРМ"
                    [SELECTED] => 1
                )

            [1] => Array
                (
                    [VALUE] => 62
                    [TITLE] => Территориальный отдел № 3 ФГУП «СТАНДАРТИНФОРМ»
                    [SELECTED] => 
                )

            [2] => Array
                (
                    [VALUE] => 63
                    [TITLE] => Территориальный отдел № 10 ФГУП «СТАНДАРТИНФОРМ»
                    [SELECTED] => 
                )

            [3] => Array
                (
                    [VALUE] => 64
                    [TITLE] => Территориальный отдел № 13 ФГУП «СТАНДАРТИНФОРМ»
                    [SELECTED] => 
                )

            [4] => Array
                (
                    [VALUE] => 65
                    [TITLE] => Территориальный отдел № 14 ФГУП «СТАНДАРТИНФОРМ»
                    [SELECTED] => 
                )

        )

    [GROUP] => Моя компания
)

\Bitrix\Main\EventManager::getInstance()->addEventHandler('documentgenerator', 'onBeforeProcessDocument', 'onBeforeProcessDocument');

function onBeforeProcessDocument($event){
   $document = $event->getParameter('document');

   $fields = $document->getTemplate()->getFields();

   \Bitrix\Main\Diag\Debug::writeToFile($fields, ' template fields', '_log_onBeforeProcessDocument.txt');
   \Bitrix\Main\Diag\Debug::writeToFile($document->getFields()['MY_COMPANY'], 'fields', '_log_onBeforeProcessDocument.txt');

   $document->setValues(['MY_COMPANY' => 63]);
}

Из блока с полями шаблона
...
 [MyCompanyRequisiteRqCompanyName] => Array
        (
            [TITLE] => Сокращенное наименование организации
            [VALUE] => this.SOURCE.MY_COMPANY.REQUISITE.RQ_COMPANY_NAME
            [GROUP] => Array
                (
                    [0] => Документ
                    [1] => Моя компания
                    [2] => Реквизиты моей компании
                    [3] => Сокращенное наименование организации
                )

        )
...

из блока с полем MY_COMPANY документа:
Array
(
    [TITLE] => Моя компания
    [VALUE] => Array
        (
            [0] => Array
                (
                    [VALUE] => 12
                    [TITLE] => ФГУП "СТАНДАРТИНФОРМ"
                    [SELECTED] => 
                )

            [1] => Array
                (
                    [VALUE] => 62
                    [TITLE] => Территориальный отдел № 3 ФГУП «СТАНДАРТИНФОРМ»
                    [SELECTED] => 
                )

            [2] => Array
                (
                    [VALUE] => 63
                    [TITLE] => Территориальный отдел № 10 ФГУП «СТАНДАРТИНФОРМ»
                    [SELECTED] => 1
                )

            [3] => Array
                (
                    [VALUE] => 64
                    [TITLE] => Территориальный отдел № 13 ФГУП «СТАНДАРТИНФОРМ»
                    [SELECTED] => 
                )

            [4] => Array
                (
                    [VALUE] => 65
                    [TITLE] => Территориальный отдел № 14 ФГУП «СТАНДАРТИНФОРМ»
                    [SELECTED] => 
                )

        )

    [GROUP] => Моя компания
)

                      $document->setValues(['MY_COMPANY' => $newMyCompanyId]);

$document->setValues(['MyCompanyRequisiteRqCompanyName' => 'test 1']);

                   $document->update(['MY_COMPANY' => $userFields['UF_CRM_1563205852']['VALUE']], true);