Формируйте свой фильтр для GetList(), там поддерживается сложная логика, затем подставляйте имя переменной с фильтром в параметр FILTER_NAME компонента «Элементы раздела».
http://dev.1c-bitrix.ru/user_help/content/iblock/components_2/catalog/catalog_sec tion.php
http://dev.1c-bitrix.ru/user_help/content/iblock/components_2/catalog/catalog_sec