Если работает ssh то зайдите по sftp в нужный каталог использую вашу пару логин - пароль, и удалите не нужное. По умолчанию в виртуалке битрикса sftp работает. А здесь например 0(ноль) затем rm -rf /home/bitrix/www/upload/tmp/*
Сталкивался. Нужно в настройках 1с поставить галки, загрузка отгрузок и загрузка оплат. После этого в 1с будут приходить документы, созданные сайтом, их и нужно оплачивать или отгружать, а не создавать на основании новые.