Попробуйте проверить, что у Вас в /local/php_interface/init.php или /bitrix/php_interface/init.php, может, стоит какой-нибудь обработчик по сжатию/отложенной загрузки скриптов, Еще в коде (скорее всего в футере) может быть
[CODE]$APPLICATION->ShowHeadStrings();[/CODE]
Может, еще что-то подобное может выдать разница в кодировках файлов