Вариант №1. Тот, что я Вам предложил - использовать поле "Артикул", которое Битрикс использует вместо термина "Код".
Вариант №2. Обозначить Битриксу, что "Код" - это реквизит товара (как цвет, размер, материал и т.д.). Получится так:
<ЗначенияРеквизитов>
<ЗначениеРеквизита>
<Наименование>Код</Наименование>
<Значение>00-00012586</Значение>
</ЗначениеРеквизита>
</ЗначенияРеквизитов>
Вариант №3. Написать в Битрикс, чтобы они пересмотрели свои многолетние стандарты и добавили поле "Код" в формат обмена. После этого дождаться, когда 1С выпустит релиз с новым форматом обмена.
Выбор за Вами.