Была такая-же проблема, решил через скрипт [URL=https://github.com/Mediahero/bitrix-clear-upload]https://github.com/Mediahero/bitrix-clear-upload[/URL]
+ почистил записи в базе (удалил те ссылки на файлы, которые удалены) запустив PHP код из админки битрикса:
$oRes = \CFile::GetList(['ID' => 'ASC']);
while ($arFile = $oRes->Fetch()) {
$sPath = $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/upload/' . $arFile['SUBDIR'] . '/' . $arFile['FILE_NAME'];
if (!file_exists($sPath)) {
\CFile::Delete($arFile['ID']);
}
}