А почему это у одной и той же позиции разные идентификаторы в репликациях 1ски? Непорядок, тогда это действительно разные позиции, но с одинаковыми названиями и атрибутами.
В текст добавьте псевдо-тэг, например "#SHOWVIDEO|/upload/video.swf#" а в шаблоне в его месте вызывайте плеер с соответствующим параметром (см. preg_match, preg_split, foreach).
Делать логику через клонирование шаблонов - однозначно неправильно, это смертный грех, пожалейте потомков. Для решения этой проблемы надо либо заводить три иблока (и три страницы каталога), либо вводить у элемента иблока каталога свойство "тип", и в зависимости от него выводить тот или иной набор атрибутов в (единственном) шаблоне.
Возможно я еще не читал то, что читали Вы, но я плохо себе представляю как на битриксе сделать общую БД для сайтов на разных серверах, особенно учитывая что битрикс поддерживает только одну БД. Или это не про СУБД речь а про какой-нибудь XML-обмен?
У заказа есть пользователь. Его можно привязать к региону через свойство пользователя например. Это все надо программировать, мышкой здесь не получится.