Все в Битриксе с этим нормально, только делать надо [url=http://dev.1c-bitrix.ru/learning/course/index.php?COURSE_ID=7]по документации [/url]а не как бог на душу положит
В данном случае, оплачивается все равно готовый счет не важно каким образом он сформирован. Ваша задача просто не показывать клиенту счет пока он не будет обработан менеджером.