Что то мне подсказывает что на nginx+php-fpm у вас не корректно отрабатывает htaccess и соответственно не работает ЧПУ. Где то рядом была тема, там человек вроде сумел подружить nginx с urlrewrite, попробуйте его конфиг, может спасет [URL=http://dev.1c-bitrix.ru/community/forums/forum7/topic78207/]http://dev.1c-bitrix.ru/community/forums/forum7/topic78207/[/URL]