Бала такая же проблема, перепробовал просто ВСЕ, и с галочками и без...
В итоге решил проблему так, выгрузил на диск структуру каталога, через старый модуль обмена в УТ 10.3,
далее руками загрузил его в Битрикс через импорт XML и ура группы успешно созданы.