Очевидно проблема в реализации ООП модели в PHP. (Я думаю проблем с совместимостью PHP5.3 не должно быть особых). Для исправления этой проблемы необходимо передавать объект не напрямую а по ссылке. Посему надо исправить в ядре битрикса в файле /bitrix/modules/sale/general/order.php функции создания запроса SQL function PrepareSql(&$arFields, $arOrder, $arFilter, $arGroupBy, $arSelectFields)на
function PrepareSql(&$arFields, $arOrder, [COLOR=#FF0099]&[/COLOR]$arFilter, $arGroupBy, $arSelectFields) - для ориентира - строка 600-610 в редакторе php.
function PrepareSql(&$arFields, $arOrder, [COLOR=#FF0099]&[/COLOR]$arFilter, $arGroupBy, $arSelectFields) - для ориентира - строка 600-610 в редакторе php.