Зачем усложнять через SKU?
Если у вас малый бизнес куплен после релиза 12 версии (то есть только 1 тип цен возможен), то действительно в зависимости от выбранного города показывать разную цену и класть в корзину с разными ценами. Тут нужны будут свои колбэк-функции пересчета цен (корзина, оформление заказа), для компонентов каталога дополнительный параметр - город, чтоб кэш был разделен по городам, ну и какая то своя логика формирования наценок в зависимости от города в своем модуле.