аналогичная проблема
переменные не равны получаются
echo $_SERVER['DOCUMENT_ROOT']." \n";
echo dirname(__FILE__)." \n";
/var/www/testmybitrix.ru/web <- является ссылкой на второе
/var/www/clients/client1/web1/web
все запускаю из /var/www/testmybitrix.ru/web , архив тоже там лежит, но похоже что скрипт начинает искать в dirname(__FILE__)