Немного проблема решилась. Теперь при помощи скрипта (https://dev.1c-bitrix.ru/community/blogs/easy_sale/2285.php) всё загружается корректно - ручная загрузка. А если пробовать делать то же самое из 1С, экспорт не проходит.
Может кто подскажет. При экспорте данных из 1С УТ в Битрикс выгружаются разделы и товары, а цена у всех нулевая (0). Смотрю сами файли xml. Цены в них есть. Почему в Битрикс не попадают, не могу разобраться. Бьюсь уже несколько дней.