По моему надо брать не id файла, а id значения свойства:
[CODE]// 'adfiles' - символьный код множественного свойства типа файл в инфоблоке
// $elemid - в этой переменной уже хранится ID конкретного элемента инфоблока, который редактируем
// $prop_id- тут нужно id значения свойства (т.е. [PROPERTY_VALUE_ID]), а не id файла
$arFile["MODULE_ID"] = "iblock";
$arFile["del"] = "Y";
CModule::IncludeModule('iblock');
CIBlockElement::SetPropertyValueCode( $elemid, "adfiles", Array ($prop_id => Array("VALUE"=>$arFile)));[/CODE]
[CODE]// 'adfiles' - символьный код множественного свойства типа файл в инфоблоке
// $elemid - в этой переменной уже хранится ID конкретного элемента инфоблока, который редактируем
// $prop_id- тут нужно id значения свойства (т.е. [PROPERTY_VALUE_ID]), а не id файла
$arFile["MODULE_ID"] = "iblock";
$arFile["del"] = "Y";
CModule::IncludeModule('iblock');
CIBlockElement::SetPropertyValueCode( $elemid, "adfiles", Array ($prop_id => Array("VALUE"=>$arFile)));[/CODE]