В общем я добился чтобы сайты отображались под отдельными пользователями с помощью бубна.
Ерунда получается, пришлось пользователя bitrix добавлять в группу пользователя сайта чтобы nginx работал.
Слишком большие временные затраты получаются по настройка каждого сайта. Неизвестно что будет после обновления системы...
Напишу разработчикам, может сделают в следующей версии...