Поделюсь опытом, как вышли из положения.
Сейчас убрали все галки грузить и выгружать отгрузки и оплаты в настройках обмена. В 1С забираем только заказы. Из 1С выгружаем только заказы. В обработке обмена внесли изменения, чтобы сумма доставки всегда выгружалась, даже если она равна нулю. Это нужно, чтобы сайт понял, если покупатель отменяет доставку, то на сайте в отгрузке обнулится стоимость доставки. Иначе, просто при отмене доставки в заказе на стороне 1С, на сайте остается старая сумма доставки. Причем, у нас еще есть доп. расходы по доставке, когда в 1С дополнительные услуги в заказе выставляются. Пришлось в обработке обмена сворачивать эту сумму в одну и выгружать одной строкой с общей суммой, тогда на сайт приходит правильная сумма заказа. Когда приходит полная оплата этого заказа на сайт, он создает там еще одну оплату как оплаченную. Проблема только осталась с отгрузкой, она всегда остается не отгруженной. При таких настройках, все изменения на сайте падают в первую отгрузку.
Ну и на всякий случай, в настройке обмена надо поставить галку "Не редактировать документы", а то если переклинит заказ на сайте (например, начинают двоиться строки на сайте), что уже не раз было, то заказ в 1С начинает опять меняться и подстраиваться под заказ из сайта, это найти очень сложно. Первый раз, когда это обнаружилось, у меня волосы на голове шевелились. Почему иногда такие ошибки возникают, это отдельная проблема. Одно могу сказать, что если в 1С в заказ могут добавить тот товар, которого в 1С больше числится, чем на сайте в момент формирования заказа, то очень большая вероятность (при определенных настройках на сайте), что заказ начнет двоиться.
Коряво, но работает. У клиентов в личном кабинете тоже бред, всех смущает лишняя оплата.
В общем, проблема большая есть с тем, что на сайте при обмене в приоритете не 1С, а сайт!!! И если в настройках есть какие-то ограничения на количество товара: Количественный учет, Не покупать больше, чем есть на сайте (т.е. не давать в минус уходить), при этом, не дай бог, резервировать товар при заказе на сайте, то при обработке таких заказов в 1С и выгрузки их на сайт вылазит периодически много проблем, когда заказ на сайте просто клинит. А самое страшное, что пока этот заказ не снесешь с сайта, как класс, обмен заказами начинает не выгружать изменения из 1С. Зато в 1С пытается грузить этот проблемный заказ, но так как стоит не менять уже загруженные документы, 1С не дает это сделать.
Так что, если остатки будут идеальны, то у вас все будет работать по такой схеме. А вот если будет как у нас, остатки иногда не совпадают (например пересорт или только-что был приход, который еще не успел выгрузиться, или в заказ добавляется тот товар, который будет завтра) ждите проблем. Либо убирайте все ограничения по товару, как мне предложили в ТП.
Вообще не могу понять, как работают те, у кого вся обработка заказа идет на стороне 1С. Неужели все только на сайте заказы обрабатывают?