У меня похожая ситуация.
У товаров есть Тип и Линия. Тип и Линия в 1С отдельные справочники. При этом у элементов обоих справочников есть свойства. Например у элементов Тип, есть свойства Длина, Диаметр, Формат и т.п. Та же картина со справочником Линия.
При выгрузке каталога, содержимое этих справочников присутствует в файле импорта, но в каталог битрикс это импортируется просто как свойство Список. Элементы списка есть (имена элементов справочников). Данные же справочников никуда не переносятся, хотя клиент ожидал что у него будут созданы под оба справочника инфоблоки, а свойства перенесутся как привязки элементов. Да хоть бы инфоблоки создались - я бы в битрикс по именам элементы бы выдергивал. Ан нет - не выходит.
Готового решения до сих пор нет?