Документация по работе с событиями:
[URL=http://dev.1c-bitrix.ru/api_help/main/general/technology/events.php]Обработка событий[/URL]
[URL=http://dev.1c-bitrix.ru/api_help/main/general/modules/relations.php]Взаимодействие модулей[/URL]
В принципе там все доступно описано, если внимательно почитать и походить по ссылкам внутри документации.
По логике вещей, учитывая [URL=http://dev.1c-bitrix.ru/api_help/main/general/page/pageplan.php]Порядок выполнения страницы[/URL], следующим после подгрузки [I]init.php[/I] подгружается [I]/bitrix/php_interface/[ID сайта]/init.php[/I], который не обновляется (единственный минус, что, если нужно выполнять обработчик на всех сайтах, то нужно прописать это в каждом файле init.php для каждого сайта).