Update

\Bitrix\Main\Loader::includeModule('iblock');
$arFields = [];
$arFields["SECTION_CODE"]["DEFAULT_VALUE"]["UNIQUE"] = "N"; // отключаем проверку на уникальность
$arFields["SECTION_CODE"]["IS_REQUIRED"] = "Y"; // оставляем обязательность самого символьного кода
\CIBlock::SetFields($IBLOCK_ID,[$arFields]);