Update

<?
     /* сначала читаем существующие шаблоны для сайта s1 */
     $rsTemplates = CSite::GetTemplateList("s1");
     while($arTemplate = $rsTemplates->Fetch()) $result[]  = $arTemplate;

     $ssort=array(); /* здесь будем запоминать сортировки текущих шаблонов */
     $res2=array(); /* это будет результирующий массив */

     /* Здесь перебираем прочитанные шаблоны и выкидываем ненужное */
     foreach($result as $template){
      unset($template["ID"]; // в топку
      unset($template["SITE_ID"]; // в топку
      array_push($ssort,intval($template["SORT"]; /* сортировку шаблона добавляем в массив */
      $res2[]=$template; /* в результирующий массив только нужные данные о текущих шаблонах */
     }

     /* Добавляем в результирующий массив данные о новом шаблоне */
     $res2[] = array(
      'CONDITION' => "CSite::InDir('/myfolder/')", /* отрабатывать только в директории /myfolder */
      'SORT' => max($ssort)+100, /* сортировка нового шаблона будет на 100 больше, чем самая большая сортировка из текущих шаблонов */
      'TEMPLATE' => "new_template" /* имя нового шаблона сайта. должно совпадать с названием директории, в которой находятся сами файлы шаблона */
     );

     /* конвейером обновляем все текущие шаблоны сайта + новый шаблон */
     $obSite = new CSite();
     $t = $obSite->Update("s1", array(
      'TEMPLATE'=>$res2
     ));
?>

<?
     $rsTemplates = CSite::GetTemplateList("s1");
     while($arTemplate = $rsTemplates->Fetch()) $result[]  = $arTemplate;
     $res2=array();
     foreach($result as $template){
      unset($template["ID"]; unset($template["SITE_ID"];
      if ($template["TEMPLATE"] != "template_name") $res2[]=$template;
     }
     unset($result);
     $obSite = new CSite();
     $t = $obSite->Update("s1", array(
      'TEMPLATE'=>$res2
     ));
?>